科技日報東京2月25日電 (記者陳超)日本理化學研究所的一個研究小組開發出稱為“RADICL-seq”(RNA And DNA Interacting Complexes Ligated And sequence)的方法，可在整個基因組中全面檢測細胞核内RNA和基因組DNA(染色質)之間的相互作用。
科學家對很多被稱為“長鍊非編碼RNA (lncRNA)”在内的RNA功能尚不了解。而了解RNA功能，必須了解由DNA和組蛋白組成的染色質區域與RNA的相互作用。
從DNA轉錄的RNA分為兩種，一種是具有制造蛋白質信息的信使RNA(mRNA)，另一種是不具備制造蛋白質信息的非編碼RNA(ncRNA，非編碼RNA)。在ncRNA中，長度超過200個堿基的RNA被稱為“長鍊非編碼RNA”。ncRNA的一部分參與體内的各種過程，包括轉錄和翻譯，以及通過由DNA和組蛋白組成的“染色質”的結構變化調節基因表達(染色質重塑)。
新方法首先用甲醛固定細胞核内存在的RNA、蛋白質和DNA，然後通過獨特設計的銜接子序列連接RNA和DNA。之後去除固定的蛋白質，僅提取結合到銜接子的RNA和DNA。通過下一代基因測序器讀取這些基因，然後将其定位到基因組中。這樣可全面了解附近存在的DNA和RNA。
研究小組開發的方法可以同時捕獲各種核RNA的信息，包括在調節基因組DNA的基因表達和維持染色質結構中起重要作用的RNA，以及與它們相互作用的基因組區域。通過這種方法獲得的數據還可以用于檢查染色質如何組織和調節，并提供lncRNA功能的全面評估。今後有望作為研究核内RNA的技術被廣泛應用。
研究成果2月24日發表在《自然通訊》雜志上。
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